游戏的时间设定在前作的人工岛屿“首都岛”，在遭受地震袭击从而最终步入毁灭的数年后。人们重新开始进行城市建设的工作，各种各样的都市被迅速地建立了起来，富坂市就是其中之一。由于富坂市位于四面被高山及大海所包围的特殊地理位置，所以许多的建筑计划并不能很好的实现。这时，一个能够充分地利用现有土地资源的计划展开了，那就是地下都市的开发计划，这个计划将使富坂市得到飞速的发展。

　　2010年的12月，建设地下都市的第一期工程已经顺利完工，人们开始进行地上、地下城市的工作。但就在圣诞节的当天，一场突如其来的、并不符合时节的大雨袭击了这里，使富坂市立即陷入了洪水的危机之中。